同时，也有不少观众认为《南京南京》是一部颠倒了是非观价值观的失败之作。影评人魏君子说，《南京南京》的技术很强大，每个场景单拎出来都很牛逼，但作为一个整体就很割裂。北电的崔卫平教授更是发文痛批，说《南京南京》是一部主题先行，只有结论的科幻片！
《南京南京》争议点很多，比如对拉贝的矮化，比如以日本人作为主视角；而电影最大争议在结尾，日本军官角川不仅放走了两个中国人，而且以自杀来谢罪。这个带有暧昧人性逻辑的结尾引发很多批评，不少观众认为这太美化日本人了。南京大屠杀的幸存者赵振刚阿婆就表示不能接受：“我从没遇见过这样的好心日本士兵。这样的处理不仅与历史不符，而且还带有一种宽恕的味道。”
对于拍南京大屠杀题材的电影，张然是绝对支持的，他一直认为这个题材应该要多拍。犹太人拍了多少集中营和大屠杀的电影，几乎每年都有类似的影片问世。如果我们有许许多多像《辛德勒的名单》《钢琴师》这电影，向全世界展示日本人的罪恶，那么日本右翼还会这么猖獗吗？
尽管张然看过《南京南京》，而且觉得电影实在一般，但在电影正式上映之后，他还是将整个剧组都带了沙坪坝三峡广场的嘉禾影院，集体