因冬天气温低，鼠疫传播变缓，3月春暖花开，桃红杏白，跳蚤、老鼠开始趋向活跃，大规模的鼠疫自然爆发。鼠疫有腺鼠疫与肺鼠疫等几种。前者是老鼠传染给人的，后者是是人与人之间的传染。到了老鼠和人都死到一定程度时，它就会平息下来。
由于鼠疫的传染死亡率很高，崇祯的御林军才在短时间内失去战斗力，结果一触即溃，也就毫不奇怪了。
于是就有发生一件人人皆知的事：李自成的队伍势如破竹，在3月18日攻破北京城，崇祯皇帝朱由检吊死在景山一棵老槐树上。
事实上，1644年3月李自成所面对的北京，实际已是一座疫病蹂躏的鬼城。
后人在讲到明末清初改朝换代的这段历史时，往往都注重讲政治大势，军事攻防，历史学家们很少有人关注到这场发生在崇祯十六年（1643年）北京城的惨烈大疫。
根据史料，龙九啸已查明：
这场大疫，是从崇祯六年到崇祯十七年间流行，发源地大致在山西的兴县，然后到大同，再到潞安。接着，鼠疫传到陕西的榆林等地。
崇祯十六年，也就是北京城破的前一年，北京也发生大疫。
到崇祯十六年（1643）四月时，北