省，苏门答腊岛命名为金洲省，因为它在古代出产黄金，而在中国典籍上被命名为“金洲”。婆罗洲因为在南洋群岛的面积最大，单独设立一个省有些不妥，因此被南北分为了北婆罗洲省和南婆罗洲省。而在马来半岛，朱海涛则设置了马六甲省。
现在的苏门答腊岛和爪哇岛上面，以及苏拉威西岛上面，除了驻扎在上面的大明军队之外，就没有多少华人了。这三个地区，还处于军事管制的期间。不过很快随着土地的整理，这里的华人数量会很快提升起来的。
大明的政府体制，就这样被确定下来了。剩下来的事情就是任命各级官员，只是现在大明初建，各项人才都很缺乏。都说万事开头难，大明才重建两年多，一切还都需要很长的时间才能磨合完成。不过，经过两年的征战和建设，大明的骨架算是搭建起来了，现在无非要做的就是在里面添加血肉罢了。
另外，就是进一步完善军队体制了。大明军队已经经历过多次调整和改制。现在已经形成了十二个师，多只岸防部队，海军则有四大舰队，其中第四舰队已经开始组装了。除此之外，还有一个预备舰队，主要是负责训练海军学院毕业的官兵们，还有清除南海海盗的职务。还有为大明军队服务的科研机构、学校和兵工厂等。