于此世之上，诸多围绕着过往存在过的魔法少女们展开的故事是一段段至今也让魔法少女组织都想要竭力挖掘的故事。
现存的魔法少女身上特有的魔力流动与操控规则早已在晓美焰的时期就被研究得很透彻了，在焰之体系的基础上魔法少女科研部门继续完善了对每一个魔法少女的研究，进一步促进她们战斗力的同时也几乎把她们的潜力挖掘到了极限。
在没有新的研究课题的情况下，魔法少女组织也将目光放到了过往存在过的魔法少女们身上，她们的痕迹虽然早已消逝，她们在绝望之中演变成的魔女随着鹿目圆香的宏愿归于志筑仁美一身，不过已经堕入黑暗面的力量被列为了禁忌的课题，真正有价值的还是她们作为魔法少女之时。
几乎每一个可能与魔法少女挂钩且拥有着传奇色彩的少女都得到了系统性的追溯，其中甚至包括了西班牙的伊莎贝拉女王，即使在历史中伊莎贝拉显然不是一直保持着少女身姿的人物，但魔法少女组织却坚持要对此追根溯源，毕竟与解释为传奇相比，魔法的奇迹也更让人容易信服一些。
同时伊莎贝拉女王也被疑为曾持有过金苹果的人物，圣殿骑士团在得到了岳重的大笔资金注入后就开始兴建一所实现基因记忆追溯的