后面到了康熙二十年又是废卫改县的重要时期，如二十六(167)年裁毕节、赤水二卫置毕节县，裁永宁卫置永宁县，乌撒卫亦裁，全部并入威宁府。
此后的雍正五年(1727)改永宁县隶四川，七年(1729)改大定州为府，以威宁府为州，属大定，十一年(1733)设大定通判驻水城，设水城厅，乾隆元年(1736)割四川叙永厅之岩上、岩下地益黔西州，编为平定里，四十一年(1776)，割平远州之崇信、时丰、岁稔三里属水城通判，于是大定府领厅一、州三、县一。终清之世，不再有变。
与此同时，驻兵数量也在不断削减。康熙二十三年(164)平远、黔西改镇为协，各裁兵一千多名，第二年威宁镇裁兵七百多名。
雍正三年(1725)，大定改镇为协，兵员逐渐减至1，200名，一镇三协遂成定制。
而流官制建立后，清廷接着将则溪制下的自然寨改造为里甲。
与明代贵州行省建立之初，为弹压土司而设府、每府只有两三里、每里只有寥寥几户的状况不同，清廷在黔西北地区的府州制、里甲制已不再徒有象征意义，如平远州共有向化、怀忠、兴文、慕恩、太平、敦仁、崇信、时丰、岁稔九里