便是他主导推翻董卓之事……王子师肯定不悦，这下完了。
其实认真的，蔡邕没有为董卓可惜的意思 。他虽然得董卓赏识，但董卓不过是想让蔡邕这等名士衬托自己礼贤下士的名声罢了，蔡邕每有善谏，董卓从不采纳。去年蔡邕都还和从弟蔡谷这长安待不下去了，咱要出逃，逃到青州刘玄德那儿去。虽然道路远阻，不易达到，但只要逃走，到了山东再。（汉时，称华山、崤山之东为山东。）蔡谷便：“君状异恒人，每行观者盈集。以此自匿，不亦难乎？”这才打消了蔡邕出逃的主意。所以这次真的是无心之失，非为董卓怜惜。
蔡邕于是在狱中，请纸笔，向王允写了封很有诚意的信，解释了自己之前所之言的根本原因，又列举了自己和董卓之间的种种以证明自己不是逆党。最后恳请王允，乞黥首刖足，但留一命。不是他蔡邕惜命偷生，而是他想留此残躯，续成汉史。蔡邕于汉灵帝期间，便受命与诸大儒一起继写《东观汉记》至如今。事未成而身先死，他死不瞑目啊。
就在蔡邕自救的同时，狱外诸多士大夫也在同时营救蔡邕，太尉马日磾亦往王府见王允，谓之曰：“伯喈旷世逸才，多识汉事，当续成后史，为一代大典。且忠孝素著，而所坐无名，诛之无乃失人望呼？