实的人物，他痛感自己与努尔哈赤势难并存。于是，他与长子阿尔通阿，三子扎萨克图商议，图谋另立门户，与兄长分庭抗礼。
于是舒尔哈齐带着几个儿子和少数部下来到了铁岭东南的黑扯木，在那里伐木建造房屋，开辟新的根据地。
而黑扯木临近明朝的军事重镇铁岭，可以直接依靠明朝的军事保护，在他的东面又与乌拉部落接邻，能随时得到盟友的援助。
舒尔哈齐开始与努尔哈赤越来越疏远，转而靠近明朝了。
李成梁看到这一分化女真的大好机会，于是火上浇油，故意挑起矛盾冲突。他上奏朝廷册封舒尔哈齐为建州右卫首领，这是明朝在辽东地区设立的最高地方军事长官。
努尔哈赤首先是责令舒尔哈齐放弃自立为王的念头，在劝说无效的情况下，他断然采取了强硬措施，于万历三十七年（1609年）三月，舒尔哈齐的两个儿子阿尔通阿、扎萨克图被努尔哈赤诛杀，部将武尔坤也被处死。
努尔哈赤余怒未消，仍打算将他的次子阿敏处死，只是在皇太极等人的极力求情下，阿敏才逃过一劫，免于一死，不过他的一半家产被没收。
面对兄长咄咄逼人的姿态，舒尔哈齐失去了继续抗争的勇气。他知