主国的册封，成为光海君被宣祖牵制的最大软肋，同时埋下了他日后不听明朝调遣的种子。
万历三十五年（1607）十月，随着宣祖的病危，光海君的危机达到：“如果是易姓革命的话就会先烧宗庙，如果只是废立的话那宗庙就无事，你去登高看看。”宦官误看成宗庙被烧，回来报告光海君，光海君长叹道：“李家宗庙到我这代就灭亡了啊！”于是仓皇从昌德宫后苑翻墙逃走。
他在一名宦官的背负下，逃到亲信医官安国信家，穿上安家的丧服准备逃到别处，被另一医官郑柟寿告发，随即被捕，安置都总府值房。世子李祬也差不多同时被捕。
光海君父子被李倧带到庆运宫（西宫）面见仁穆大妃，仁穆大妃要求将光海君父子处死，被群臣劝阻。
其后，李倧以仁穆大妃名义颁布教书，谴责光海君废母杀弟、大兴土木和背叛明朝等罪行，废黜王位，并命李倧继位，是为仁祖。
仁祖反正后，李尔瞻、郑仁弘、韩缵男、朴鼎吉、李伟卿、柳希奋等数十名光海君的重臣先后落网并被处决，朴承宗、朴自兴父子自杀，还有大批人被流放。
光海君、废妃柳氏夫妇及王世子李祬、世子嫔朴氏夫妇均被围篱安置于江华岛，分处岛内不