努尔哈赤首先是责令舒尔哈齐放弃自立为王的念头，在劝说无效的情况下，努尔哈赤断然采取了强硬措施，于万历三十七年（1609年）三月，舒尔哈齐的两个儿子阿尔通阿、扎萨克图被努尔哈赤诛杀，部将武尔坤也被处死。
努尔哈赤余怒未消，仍打算将他的次子阿敏处死，只是在皇太极等人的极力求情下，阿敏才逃过一劫，免于一死，不过他的一半家产被没收。
面对兄长咄咄逼人的姿态，舒尔哈齐失去了继续抗争的勇气。他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东的明军，也处在岌岌可危的境地，根本不是努尔哈赤的对手。在万念俱灰的绝望处境下，舒尔哈齐回到了兄长的帐下。但是这次的努尔哈赤对他不再讲兄弟情谊了，舒尔哈齐被囚禁在一间暗室之中，用铁锁锁住，仅有两个孔穴给他送食物。
万历三十九年（1611年）八月十九日，舒尔哈齐在囚禁中死去，时年四十八岁。有一说他是被兄长努尔哈赤秘密杀害的。
正因为皇太极曾经救过阿敏的性命，阿敏这个时候才会冒着触怒大汗的风险为皇太极说话，将大汗认为的失败，纠正为只是打平手！
努尔哈赤看了看众人，并没有说阿敏对，也