它的反对派在立太子问题上展开了长达20余年的争论。
最后，神 宗终于立常洛为太子，勋戚郑氏的权势受到一定的压抑。但东林党推李三才为相的愿望也没能实现。
熹宗天启时，统治阶级内部的党争愈演愈烈。最初，东林党人叶向高、邹元标、杨涟、赵南星等人得到执政的机会，浙、昆、宣各党派一度受到排斥。
为时不久，以魏忠贤为首的阉宦与浙、齐、楚、宣、昆各党中的一部分人结成联盟，被东林党称为“阉党”，异军突起，魏忠贤是司礼秉笔太监，又提督东厂，爪牙有五彪、十狗、十孩儿、四十孙等名目，朝廷内外，“遍置死党”，从而把持朝纲，为所欲为。
东林党人激烈反对“阉党”掌权。
在党争的过程中，东林党人反对以皇帝为首的当权派的胡作非为，反对王公、勋戚对土地的掠夺，反对矿监、税使的横征暴敛，代表了人民的愿望，得到了市民的支持拥护。
但明末激烈的党争大大削弱了明朝的力量。
“东林党的人才基础雄厚，这是其一，其二，东林党的历史也远比九千岁早，人家已经发展了四五十年了，咱们才刚搞了没几年，所以，盲目而动，再过十年二十年，也伤不到东林党