大学士的票拟最后决定于皇帝的朱批，而明制以司礼监秉笔太监掌章奏文书。
宣宗时，大臣章奏除由皇帝亲批数本外，皆由秉笔太监照内阁大学士之票拟批红。
宣宗以后，人主怠荒，深居内宫，朱批便由秉笔太监处理，从此宦官透过司礼监的职务得以正式与外廷往来，宰辅之权便为内臣所侵夺，司礼监有太上内阁之称，造成了明代宦官的专横。
首辅有持相权而名不正的弊端内阁仅属秘书机关，无宰相之名，也无宰相之位，更无宰相之责，但皇帝信任时，又确有宰相之权利。
明代内阁成立后不久，事实的演变，产生首辅，权利堪比中国古代宰相。
但此不过内阁中相沿的惯例，并非律定，故不为外廷所承认。
《明史纪事本末》说：“严嵩无宰相之名，而有宰相之权；有宰相之权，而无宰相之责。”正是说出了内阁制度的弊端。
内阁有相权而无宰相之责，出错时便诿过他人，无宰相之名位而有宰相之权，则朝臣不能信服。
张居正任首辅，仍须与中官冯保结合才能执掌大权，方能施展抱负，就是很明显的例子。
明代宦官之祸严重，内阁制度之名不正，有着密切的关系