日，冯铨回奏多尔衮论明末党争时说“诸位大臣的所作所为都瞒不过王爷您啊”
多尔衮对此深表满意。这一年，授冯铨内翰林弘文院大学士。
七月，他遭到御史吴达弹劾，引发一场政斗风波。
顺治六年，加少傅兼太子太傅。
顺治七年十二月，多尔衮死后，清初统治阶级内部的政治气候突变。顺治帝亲政后，满洲贵族的反多尔衮势力执掌朝政。
顺治八年二月，清朝开始审定中央各部汉官，有的被严加惩处，有的则继续供职。这次“甄别”中，第一个被顺治帝点到者就是冯铨。顺治帝列举其被吴达等疏参之罪及其七年内之所为，严斥他“殊失大臣之体”，“著令致仕”。
顺治十年三月二十一日，顺治帝以“冯铨原无显过，且博洽故典，谙练政事，朕方求贤图治，特命起用，以观自新“为由，下谕命吏部通知冯铨迅速赴京。三月二十七日，顺治帝亲临内院召见冯铨，对他很表关切之意。当天傍晚，冯铨等大学士奉召入宫，谈到翰林官贤否时，顺治帝认为只要他亲加考核，文之优劣毕见，即可定其高下。当时陈名夏也在场，而冯铨却别有心计奏曰“皇上简拔任用贤才之人，不应该仅仅去看他的文章。南人汉官大多文章写