星、高攀龙、孙承宗、袁可立等许多正直之士在朝中担任重要职务，方从哲等奸臣已逐渐被排挤出去，吏制稍显清明。
天启元年三月，努尔哈赤率军攻陷了沈阳，明总兵尤世功、贺世贤都战死。
总兵官陈策、童仲揆、戚金、张名世前去援助辽东战事，和后金军在浑河大战，但全军覆没。
之后，努尔哈赤攻取了明朝辽东重镇辽阳，经略袁应泰自杀。
努尔哈赤攻取辽阳之后，明熹宗再次启用熊廷弼，任兵部尚书兼右副都御史，经略辽东。八月，升任参将毛文龙为副总兵，命他排派兵守镇江。
天启二年正月，后金军攻取西平堡，明副将罗一贵战死。镇武营总兵官刘渠、祁秉忠在平阳桥与后金军大战但是最后战死。王化贞与熊廷弼撤入关内。
四月，上谓弹压登莱非公不可，以袁可立为右佥都御史巡抚登莱赞理军务。
八月，熹宗封皇五弟朱由检为信王。
同时朱由校还下诏为张居正平反，录方孝孺遗嗣，优恤元勋，给予祭葬及谥号。
天启三年，魏忠贤执掌东厂，用阉党的势力制衡风头正盛的东林党。
朱由校还喜欢自己动手做些木工，终年不倦。