之后，玩家将进入第二条暗线。
那就是作为同盟国对抗轴心国，而同盟国的剧情将会是更为重要的一点。
在同盟国的剧情线里面，玩家将知道作为掀起这场世界大战的轴心国领袖阿道夫，实际上是一个神 秘组织培养出来的棋子，他们掌握了一种神 秘的道具金苹果，而在战争失败之后这群人消失的无影无踪。
同时同盟国除了正常的将轴心国打败的剧情之外，在满足条件的情况下，还将触发另外的两个结局。
其中一个是废土与希望的结局，玩家操纵同盟军队击败轴心国后，满足条件后会触发一个名为‘世界核平’的结局，在最后轴心国节节败退的时候，对方发动核打击同时同盟国也发动核打击，整个世界陷入废土之中。
而玩家将会进入彩蛋结局，未来无数年后，存活在地下避难所的人类重新走出地表，但却发现核辐射让整个世界文明已经全部毁灭，并且诞生出无数可怕的怪物，同时经过了近百年的时间地表的核辐射依旧没有散去，人类只能够在地表停留短暂的时间，一旦身体内的核辐射超标将会死亡。
这时候人们通过废土世界收集残存的资源，最后打造出一台时空机器，将一名最优秀的战士送回到了过去，希望