玩家操纵醒来的主角手无寸铁在医院里面，而绷带男的指导也是另外一方面的潜行经验。
杨晨没有在序章里面，如同梦境记忆中的《合金装备：幻痛》用极长的过场动画来将游戏展现给玩家，还是那样的一句话，大部分玩家买游戏是用来玩的。
游戏中的cg，杨晨更愿意让玩家自己选择是否去欣赏去观看，所有的关卡玩家通关后，进入分数结算界面，可以自己选择是否关卡剧情cg。
而在游戏的过程中，杨晨并不希望玩着玩着，突然一个剧情cg过场动画，让玩家的体验产生撕裂感。
…………
随着游戏的剧情慢慢推进，尹正也开始进入到游戏的主要部分。
在逃离了医院后，他遇到了一个人——左轮山猫。
并且在左轮山猫的指引下，前去营救被敌人抓住的米勒。
左手的钩子取而代之的是义肢，叼在嘴里的雪茄，遮挡住一只眼睛的眼罩，除了脸上的疤痕多了一些看上去跟《合金装备：原爆点》中big boss的样子没有什么两样。
如果是玩过之前《合金装备：原爆点》的玩家，实际上对于《合金装备：幻痛》的操作并不会陌生，但在脱离了前面医院的序章之