过去在西方科学界就有人提出来过撒哈拉之眼，很有可能就是亚特兰蒂斯的遗址。
不过这只是一个大胆的假设，很多人认为这是一种哗众取宠的时髦噱头，因为提出这种假设的人也没有能够列举出进一步的科学证据，证明他的这种假说。
但是后来随着考古学界的深入研究，特别是考古学，地质学和古生物学，三个学科进行跨学科式的合作研究，对撒哈拉之眼周围的科学探索，找到了很多惊人的线索和证据。
一方面在古生物学家和考古学家共同努力之下，在撒哈拉之眼周围挖出了数量非常巨大的古代海洋生物化石；
另一方面一些考古学家和地质学家互相合作，甚至也找到了一些被高温所融化过的地表结构。
过去很多的地质学家认为，暴露在露天的撒哈拉之眼结构的内部，是由多种不同的侵入岩和喷出岩构成的。
它们包括流纹岩、辉长岩、碳酸盐岩和金伯利岩。
流纹岩由熔岩流和凝灰岩组成，根据现场绘制和航拍数据，岩石形成两个同心环堤坝。它们由大量的缺乏囊泡的碳酸盐岩构成。
碳酸盐岩岩石的冷却时间在9400万至1.04亿年前。金伯利岩则一直可以追溯