轮机舱的交替布局以及德国1战时大名鼎鼎的三层锅炉仓布置，整个防御体系的冗余非常大，以锅炉仓为例，即使一段锅炉仓两边同时被鱼雷命中并且击破的话，中间的锅炉仓依然有很大的概率幸存。
除了鲁普雷希特特意提及的水中弹和水下防御体系之外，巴伐利亚级战列舰的侧舷防御也得到了改善，这一次，巴伐利亚级战列舰终于使用上了后世鼎鼎大名的重点防御理念，果断的舍弃了炮廊装甲带和部分上层装甲带，但是主装甲带的高度有了空前的提升！算上水上和水下部分，主装甲带高度达到了5.5米，正常装载情况下，水上部分是3.5米的高度，水下部分是2米，然后下部是防雷用的倾斜装甲带。
整条主装甲带的长度达到了全长的55%。船是15omm轻装甲带加穹甲挡水，后部是25omm矮装甲带加穹甲，一直延伸到船体尾部的舵机。主装甲带采用的是7omm外板加25omm主装甲，倾斜角度是18度。而后部保护传动轴部分的装甲带是5omm外板加上2oomm装甲带，倾斜18度，实际上这个厚度用于防御1战英国的炮弹都是足够的。
这艘战舰的主水平装甲依然是9o到11omm。基本上不存在可以将其打穿水平弹。炮塔正面装甲加厚