为提高训练的效果和建立有效的指挥体系，李月和荔非元礼商量后，又把军队打散，重新分成十二个队，八十人为一队，每队设队正一名，队副一名；每队下再设四伙，每伙二十人，伙长一人。
全军再分成四个营，三个队为一营，长官为校尉。四个校尉就在原来的军官中由全体士兵投票选出，另外设立宪兵队共四十人，主要是原来的军官和挑选出来的士卒来担任，直属李月。李月任都尉、荔非元礼任果毅都尉，再命即墨担任骑射总教头，教授士兵们马术、刀法和箭法及太玄经第一层的内功心法。由李月、荔非元礼、四个校尉共六人组成最高决策小组，全军所有的命令都由最高决策小组商量决定。李月把这支临时军队命为黑旗军，以黑旗为军旗。
编制完成后，全军便投入到了残酷的体能训练之中，主要是负重越野跑，每人负二十斤铁砂，先是五里、慢慢增加到十里、然后是二十里、最后是五十里。其次是蹲马步，一蹲就是二、三个时辰，为了培养团队意识，李月采用竞赛制度，以营为单位，每五天一次竞赛比拼，获胜营可得重奖，再设百人榜，入榜的个人也可按名次获奖，另外排进百人榜最多的一个队，其队正和队副也能得重奖。同时又设耻辱榜，在每次竞赛的最后的一百人