度过了最为艰难混乱的时期，许多大小幸存者基地基本上巩固了基地的防护设施及其内部社会秩序。在尽力恢复生产以及与各基地的通讯的同时，开始逐步清除基地周围的丧尸。而病毒的研究一直毫无进展。
而就在人类开始实施清除计划不久，丧尸中已经逐步进化出第三类丧尸，在这具有一定智慧的第三类丧尸的带领下，开始了丧尸自主与人类攻守对抗的时代。
在长时间与丧尸的拉锯战中，因为病毒的长时间感染，以及每天徘徊在生死之间的战斗，在生死之间一举突破的“基因锁进化者”与“病毒进化者”在各大基地保卫战中开始为人类所知悉，在这种攻守趋于平衡下，丧尸以及人类进化者纷纷向着更深层次进化。
而有了一定防护能力的幸存者基地，在科技条件以及进化者的帮助下，可食用动植物开始出现，虽然多少受到病毒的影响而产生变异，但是以如今人类的体质而言这微量的病毒还是可以接受的，并且，除个别因为各种条件而无法取得联系外，大部分幸存者基地间开始实现灾后通讯，但交通依旧不便。
随着进化者实力的增强，以及逐渐恢复的科技，人类开始隐隐凌驾于丧尸之上，丧尸被清除已经不是梦醒啊。而这时，世界各国虽然