00年收集了大量数据的南极科研小组也终于下定决心作一次大死，他们将朗基努斯之枪从亚当身上拔下来。
然后发生了第二次冲击，一场生物大灭绝，当然官方记载是陨石落在南极造成的一切，而事实上是人类科学家作死造成了一切。
亚当引起的第二次冲击，也像是一声号角唤醒了其他沉睡的使徒。他们虽然没有智慧，但也有生物的本能，他们的本能也是回归，他们要和最初使徒亚当融合。而如果其他使徒和亚当融合的话那么造成的结果就是人类全灭，和亚当融合的那个使徒会成为新世界的神，这是人类不愿意见到的。
所以人类现在要做的就是将那些来找亚当融合的使徒全部干掉，来一个杀一个来一双杀一双，杀到确保人类意识会成为融合的主流为止。
而人类的杀手锏，就是由亚当基因克隆而来的决战兵器eva，至于如何让使徒自投罗网，那就要靠人类在日本地下深处挖掘出来的第二使徒莉莉丝了。
只能说人类的运气真的不错，最初使徒和第二使徒都被人类给挖了出来，真得感谢先祖《死海文书》的记录，虽然古代时候地理方位和现代完全不同，不过有个大概也能让现代人类用各种高科技寻找到地下的空间，找到使徒。