，这一年十二月，努尔哈赤的三弟舒尔哈齐率众一百四十人，私自入京向明国朝贡。归后即逢新年，年后未几，两兄弟竟而闹翻，舒尔哈齐率部离开赫图阿拉，移居浑河上游的黑扯木，公开与其兄努尔哈赤决裂，拥兵自立。
果然就应了之前众人揣测的那一句，建州要和叶赫那般，成为双首领统帅了。
对于舒尔哈齐自立的行为，努尔哈赤勃然大怒，当即下令抄没舒尔哈齐所有家产，杀死了舒尔哈齐的长子阿尔通阿和三子扎萨克图，又将参与帮助舒尔哈齐叛离的部将武尔坤吊在树上，处以火焚之刑。舒尔哈齐的次子阿敏原本亦要被杀，幸而因代善、皇太极等诸位阿哥极力谏止，才使阿敏免遭一死，但却受到被剥夺所属人口一半的惩戒。
舒尔哈齐逃至黑扯木后，原指望能得到明朝辽东官吏支持，却不料大明有意坐山观虎，对建州内乱竟是置若罔闻。
苦捱到了第二年的二月份，舒尔哈齐孤立无援，只得返回赫图阿拉请求兄长宽恕谅解。努尔哈赤并没有杀了这个昔日与他并肩打下江山的兄弟，不过也没有轻饶于他。舒尔哈齐归城后的翌日，便被关入暗无天日的牢房受到幽禁。
这些城内变幻的局势让建州上层的权贵们战战兢兢，但这一点都没