毕方济之所以这么重视这两千部西书的下落，根本在于他是一向主张走上层路线传教，也是“学术传教”路线，通过传播学术的手段来发展信众。
毕方济本来就是走上层路线的大高手，若干年后他不但获得了南明隆武帝的极大信任，中国天主教在这一路线的指引上甚至通过瞿安德神父有了一个在中国天主教历史绝无仅有的成功典范。
趁着永历帝在外地的机会，瞿安德神父成功对整个永历帝的整个宫廷进行了洗礼，从两宫太后到皇后甚至太监都受洗成了天主教的信徒，永历帝事后也不得对这个事实予以默认。
几个月之后，瞿安德又对皇太子进行洗礼，让天主教觉得自己可以借中兴之功而在中国生根茁壮发展壮大,甚至培植出第一位信奉天主教的中国皇帝，。
正因为毕方济是上层路线的大高手，因此毕方济也对两千部西书被盗造成的威胁特别敏感。
徐光启、孙元化等许多缙绅都是这种“学术传教”路线所获得的丰硕果实，而一名缙绅入教往往就代表着整个家族甚至几个缙绅家族成为天主教的忠实信徒，而“学术传教”之所以能取得成果在于东西方科学技术上的极大落差，不管是人文科学、自然科学还是军事科学，欧洲都领先