目前所知的水晶头骨全是用高纯度透明水晶制成，上面没有留下任何明显的工具切割痕迹，此外这些水晶头骨被制作时完全不考虑水晶的自然轴，这在现在也很难办到。
没有人知道前哥伦布时代的美洲人能用什么制造出这些水晶头骨。由于无法解开水晶头骨之谜，有些人甚至开始怀疑，水晶头骨是某种超级文明的产物，上面包含着人类的起源和命运信息。
但实际上英国、法国和美国的科学家对水晶头骨分别进行科学测试后，一致认为水晶头骨并非美洲阿兹特克文明、玛雅文明或超级文明的产物，而是纯属欧洲制造！
科学家发现水晶头骨上具有一些通过珠宝切割科技和其他现代工具所留下的切割痕迹，得出了水晶头骨是通过一种被称作“旋转轮”的珠宝加工工具制造的，而这种工具在前哥伦布时代的美洲大陆上根本就不存在。
到底是谁根据美洲原住民的传说，故意伪造了这些水晶头骨？怀疑的目标指向了世纪的美洲大陆文物收藏家尤金·波班。历史学家只知道波班是一名法国人，他在墨西哥居住的时间超过了年。
大英博物馆收藏的水晶头骨就曾经被波班拥有，此外还发现，早些时候，波班试图将它兜售给美国的史密森协会