未能考中进士，遂放弃科举潜心西学。
天启二年，孙元化向朝廷条呈两策，得兵部尚书孙承宗看中，启用孙元化筑台制炮筑造了著名的宁远城，后协同袁崇焕驻守宁远。
天启六年，努尔哈赤率六万大军攻宁远，被孙元化的密集火炮阵击退，七个月后病死。袁崇焕上书朝廷，称努尔哈赤是被红夷大炮击伤不治而死，称此战为“宁远大捷”。
魏忠贤命厂卫密查详情后得知：努尔哈赤宁远退兵之后尚且亲自带兵征战蒙古部落，根本没有被大炮击伤。
想想也是，以这个时代的医疗水平而言，中一枚火枪子弹都是必死无疑的事情，何况是被大炮击中？袁崇焕这个牛实在是吹破了天，因而弄了个灰头土脸自行引退；孙元化也此而受了牵连被罢了官。
后孙承宗力保孙元化代替袁可立巡抚登莱，孙元化上任后在登州网罗英才，组建一支有二十七名欧洲人的外籍炮兵团。有力的狙击了后金对山东半岛的骚扰，是朝廷里有名的儒将。
苍灵萱忧心忡忡的说道：“是啊，官兵十万大军犯我圣教城池，此番定然少不了一场苦战。”
“犯你白莲教城池？”常威一听这话差点气的破口大骂，“明明是你们这群叛逆攻城略地，为