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由此，引起巫妖大战。巫族有剩余十祖巫，妖族有东皇太一凭借周天星斗大阵和混元河洛大阵守护天庭。经此一战，东皇太一与祖巫俱身损。若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附仙道(如灵宝道君所创截教，被尊称为通天教主)，巫妖两族由此势弱。
此后阐教(元始天尊所创，其弟子有云中子、十二金仙等)、截教(大弟子多宝道人，无当圣母等等)兴起。接引道人演沙门，立西方教，接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为二教主。人间界仍有大巫部落，视妖族、人类为一族(人为女娲所造)，仍大战不休。九黎部落蚩尤举部落之力，以巫族秘术造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕拜师于广成子(广成子为阐教十二金仙之首)，广成子助轩辕杀蚩尤，灭其部落，轩辕遂为人皇。
其后，轩辕孙颛顼氏又伤巫族首领九凤，灭其族。至此，巫族不成气候。至大禹时，人教达顶峰。后白起被真武荡魔大帝化身徐福用计镇压进山河社稷图，嬴政与勾陈双双身陨，此后，人间界巫族几乎销声匿迹。人间界经巫妖大战后，被打碎成无数块，散落成宇宙，再也不能合拢。六道轮回附近，因太阳星、太阴星残存下来，碎块形成地球