德国纳粹党本身就具有秘密社团的色彩，他们内部的很多活动搞得就像某种宗教仪式，希特勒一直都相信神秘力量的存在，同时他也是个阴谋论者，对其他带有宗教色彩的秘密结社非常敏感。
共济会被纳粹定位为政治组织，这倒也不是什么欲加之罪，德国共济会确实渗透进了魏玛政府，插手了不少当时的社会政治活动。
希特勒的纳粹党夺取政权的过程中，德国共济会分裂成了两派，于是当纳粹掌权之后，反对纳粹党一系的共济会成员遭到了清洗，而这批人中间大部分都具有犹太血统。纳粹党通过支持纳粹理念的组织成员，得到了德国共济会大部分成员的名单，来不及逃离国境的共济会成员被保安总局逮捕，随即被送进了德国境内的各大集中营，胸前缝上了政治犯的红色三角标签。
德国共济会在纳粹手中遭到了毁灭性的打击，只有少数人幸运的熬到了战争结束，这些人没被杀掉的唯一原因，就是他们身上具有的日耳曼血统。而那些被捕的犹太成员下场就凄惨多了，他们连政治犯的标签都得不到，只能在胸口缝上代表本民族血统的黄色六角星，战争结束时这些人几乎十不存一。
德国是共济会的发源地之一，传闻腓特烈大帝在他还是普鲁士王储