德意志帝国海军的历史并不算长，毕竟一个统一的德意志帝国的概念，直到十九世纪后期才出现，而在此之前“德意志”只是作为一种通用语言而存在。
德国历史上第一支正真意义上的国家海军，是一八四八年德意志三月革命之后，由法兰克福国民议会建立的德国国民议会舰队。
当时德意志联邦的海防形势很严峻，原本为德国海岸提供保护的英国和荷兰，已经不再由德裔君主统治，而曾经的盟友丹麦，此时则因为石勒苏益格o荷尔施泰因地区的归属问题，与德意志联邦发生了严重分歧。很快石勒苏益格o荷尔施泰因战争爆发，强大的丹麦海军立即就封锁了北海与波罗的海航线，断绝了德意志联邦的海上对外贸易。
德国海军就是在这种情况下仓促编制而成的，当时全部的大型舰艇加起来只有十一条，其中只有一条是正规军舰，而且那条沿海巡防舰，还是德国人从丹麦海军手里抢过来的。这支舰队只存在了四年不到的时间，就因为国民议会的失败而解散了，舰艇被分散卖个联邦各个成员国，其中普鲁士王国购买了两条蒸汽巡防舰，这两条军舰成为普鲁士海军随后崛起的基石之一。
现在的德意志帝国海军，则是由普鲁士海军舰队以及东德意志联