我是高中生侦探工藤新一，当我和青梅竹马的同学毛利兰去游乐园时，目击了黑衣人可疑的交易现超当时我只顾着偷窥，不对，是偷看却忽略了从背后而来的另一个同伙我被那个男人强灌了毒药，等我醒来时……
我的身体已经缩小了！要是让他们知道工藤新一还活着，不但我的性命难保，还会危害到我周遭的亲人在阿笠博士的建议下，我隐瞒了身份当小兰问及我的名字时，情急之下，我化名为江户川柯南为了搜集那些家伙的情报，便住进了其父亲以侦探为业的小兰家中
虽然还没有查到黑衣人的真正面目，不过，赌上侦探之名，我一定要跟他们做个了结身体虽变鞋但头脑一样灵活，任何难题都能解开的名侦探！
我坚信，真相永远只有一个！
可是，现在却有一个神秘的人出现在我面前，他叫目暮星辰，是目暮十三的儿子，如果不是有着完整的背景资料，我会怀疑他像我一样是被毒药变小的人
美术馆杀人事件发生后，我找到他谈话，结果他却对我下达战书
我一直认为所以的罪犯都应该受到法律的制裁，无论拥有多么充足的理由，我们都无权剥夺他人的生命但是目暮星辰这个家伙却要帮助真凶掩饰罪行