第三件，便是确定组织机构。李剑生等几个人一商量，决定将这些人编成一个红军湘南独立连，后来考虑这称号太小了，便决定虚一点，取名湘南独立营。营长由李剑生亲任；党代表何长明；副营长杨至深；政治部主任蔡中。下设三个战斗组、一个后勤组。战斗一组、二组每组人，其中战斗一组组长郭狗儿，郭大个、牛大力为副组长，另外加上两名地方来的党员和名团丁组成；战斗二组组长陆可山，严冬和刘富贵任副组长，加上两名地方来的党员和名团丁组成；特务战斗组人，由云天任组长，从井冈山一起来的白开山、刘立民两个，加个地方的党员和个团丁组成；后勤组人，由何晓鲁任组长，李剑生从井冈山带来的队员李郅、地方党员一人、李大渊、一个团丁共同组成。其中，李大渊和地方党员中的那个叫吴胖子、原来是屠夫的地方党员，专职在炊事小组供职，负责所有人的伙食。李郅则负责警戒，平时参与云天小组的训练。
第四件，便是加强整训，加强思想教育。好在眼下党员及骨干与团丁的比例接近一比一，加之这些团丁大多是被迫去当的，虽原来有些狗仗人势，却也没什么大奸大恶之人，正好做工作。这工作包括两方面，一是军事训练、二是思想培训。军事训练的枪法由杨至深负责任