接下来他的两个弟弟和他那个简陋的小家也成了土匪的战利品。在经过一番残酷的审核后，他和两个弟弟成了土匪中的一员。
接下来的两年，孙家三兄弟过上了土匪的日子。当然故事如果就这样结束了，也就没有后来的神医了。孙家三兄弟从未想过有一天自己会成为百姓口中痛恨的土匪，所以三兄弟私下偷偷商量着要逃离匪窟，回归正常人的生活。于是逃亡计划被提上了日程。
可能是当时的土匪已经接受了他们三人，对他们的看守也没有一开始那么严密了。在一个月黑风高的夜晚，凭借着对地形的熟悉，三人顺利的逃离了山寨，踏上了逃亡的道路。
三人既紧张又兴奋，在跑了两天一夜后，他们终于累瘫了。不知道身在何处，不知道接下来将如何生存，饥饿和劳累让他们再没有其他想法，直接倒头便睡。昏昏沉沉的不知睡了多久，等孙思邈再睁开眼睛的时候，感觉自己就像脱了一层皮一样，身子不由自己控制，头昏脑涨，继而昏了过去。
也不知过了多长时间，孙思邈醒来后发现自己居然在一张木床上，身边有一个白胡子老头儿，孙思邈第一反应是自己已经死了。老头儿见他醒了，便给他一碗药，让他喝了，这才告诉他发生的事情。