关千总司的兵力，不足以抵抗清军的进攻。民团保留下去，对千总司也是一个有力的补充。对这一点，三位村长也沒有反对。
于是商毅又对民团进行一次改组，将原来的辅助团的青年团全部提升为主力团，而他们的实际待遇也和以经转入军籍的团兵一样，只是没有军籍而己。
对这次改组，也釆用自愿的原则，在一部份人退出之后，仍然还有八百八十六人愿意留下来。商毅将退出的人和原来的十三个壮年辅助团一起，编成了新的辅助团，一共有十四个小队，农忙是务安、安闲时练兵，并付责日常保卫村子的工作和官兵的后勤辅助，在必要的时候，做为官兵的补充，这一点是带强制性，是毎一个成年村民必尽的义务。
而其余愿意升级为主力团的团兵们的仍然按穆陵关的官兵编制，也分为六个步兵队，一个骑兵和一个侦察队。各队实际都划规各把总管辖，跟官兵一起训练，这实际上，就等于是把穆陵关的兵力扩大了一倍。
其实商毅本来还打算按照后世现代军队的编制方法，将军队整个进行一次重组，但也考虑到现在这个时机还不成熟，因此也就暂时作罢。
对少年团，商毅也是釆用自愿原则，当然还要经过他们父母的同意，分别编制为主