十六个卫、三十五个所，而其中有五个卫、十四个卫都以经被他们控制，主要都集中在以杭州为核心的地区內，其中有二个卫的指挥使，六个千户实际都是玄皇教的教众。因此可以说是万事齐备，只等教主的一声令下了。
尽管明朝的卫所军户制度以经大大破坏了，但军户毕竟比普通百姓要强一些，而且在卫所里面，还有储备着相当的军队和军器，因此玄皇教的举事进行得十分顺利，他们首先是从绍兴府举事，其他地区也纷纷响应，在不到一个月的时间里，就以经攻占了宁波府、绍兴府、杭州府、湖州府、嘉兴府、严州府等六府。拥有兵力六七万余众。而且以经准备进取南京了。
但就在这时，商家军击败了张献忠，回兵南京。玄皇教对商家军还是有些忌惮的，因此也放弃了进攻南京的计划，把重点放在苏州府和松江府。打算统一了沿海地区，逐步包围南京。
进攻苏州叛军先锋人马的首领叫陈建新，是玄皇教的一名香主，这次带来了五千人马，其中有一半多都是原来卫所的军户人马。而这次玄皇教叛乱的主将，就是当初合营进攻兖州的流寇首领混十万马进忠，他率领三万人马，随后出发。
陈建新虽然听说过商家军的威名，但毕竟是沒有见识过商家军的