南明福王政权的建立，也不会有所改变，当然，如果历史出现一些偏差，也不是不可能，但这些都是不可预料的事情，因此商毅对未来两年的计划，都是依据这些历史发展而制定。等出现偏差之后，再作调整。
首先要确定的是，自己下一步的目标是什么？究竟是建立一个自己的王朝，还是扶助一个可以扶助眀室皇帝，或者是割据一方，事实上这连商毅自己都还不清楚。这主要是因为前一段时间立足尚未稳，也来不及思考这个问题，但现在必须有一个明确的目标了。
在商毅看来，当然能够建立起一个属于自己的大一统王朝当然是最好，但这个目标也未免太过宏大而遥远，而且其中还不知会有多少变化，最多是能当最终目标，而不是眼下的方向。而扶助一个明室皇帝显然也是不可能。因为商毅对中国古代的帝王十分清楚，都是可以共患难，不能同富贵的主，好一点遇到宋太祖那样，来个杯酒释兵权，算是运气好了。如果倒霉，撞上了朱元璋那种货，只怕是死路一条。“飞鸟尽，良弓藏，狡兔死，走狗烹，敌国破，谋臣亡” 这十八个字，以经总结得够精避了。商毅可不想落得这样的结果。
因此商毅最后在纸上写下：在清军入关之后的一定时间内，可以依附于明室，或者