在等待着阿科尼亚的回信同时, 商毅同样也没有闲着, 而是抓紧时间, 巩固在台湾北部的防线。其实西班牙军队以经在台湾东北部建立了一个比较好的基础。整个区域是以基隆港也核心展开，淡水和三貂角分别守住了西北和东北两处登陆地点，护住基隆左右，宜兰为基隆向南的前沿，因此只用按照西班牙的布置，继续深化也就行了。
不过在短时内，商毅不打算在台湾多留驻军，整个台湾只驻留两个营的兵力，实行轮流驻防，三个月一轮换。驻台军的主将甴沈寿崇的兄弟，七团的副团长沈寿岳坦任。驻台兵力主要从七团中抽调，一个火枪兵营、一个长枪兵营。然后再辅足一个炮兵连，一个侦察排和一个外籍雇佣兵连。其中火器比例超过一半，火炮二十门。另有战船十二艘，其中有六艘福船，六艘西式帆船，水手二百多人，共计兵力在二千五百人左右。
俱体的分布为，淡水和三貂角分别驻守两个火枪兵排和两个长枪兵排，宜兰驻守一个火枪兵连和一个长枪兵连，外籍雇佣兵连驻守社寮岛，其余人马都驻守基隆。
以这样的兵力，抵抗荷兰人的进攻，应该是足够了，何况还有华人的民兵。在另一时空里，荷兰人打败台湾的西班牙军队，只出动了连同台湾土著