也做出了决定，将传教士们分成两批，由汤若望带一批人，随商毅一起南下，在南方重新开避传教的新局面。而龙华民带着另一批人继续留在北京，听天由命。
原来商毅和亚莉桑德拉离开了教堂之后，龙华民、汤若望马上招集了几位主要的传教士，一齐商议对策。众人也确实都对清军充满了戒心，也都赞同到中国的南方去打开局面。因为在阿科尼亚的信中，也提到过，由于有商毅的支持，现在天主教在南方、由其是东南沿海一带的发展势头很好，但也提出人手不足，难以有进一步扩大发展，因此趁这个机会，依靠商毅的力量，扩大天主教在南方发展，也是一件好事。
但也有传教士觉得，向南发展是一件好事，但也不能放弃在北京的基础，毕竟这也是天主教花了几十年的时间，才发展到今天的基础，那能说放弃就放弃呢？虽然清朝和明朝是仇敌，但传教士却都是外国人，李自成进京之后，也没把天主教会怎么样，相信清军进了北京之后，也不会过于为难教会，假如清朝禁止天主教在北京落动，驱逐传教士，再离开北京也不迟。
因此最后龙华民才做出这样的决定。而之所以决定是龙华民留守北京，汤若望南下，这是因为龙华民是天教教会中国教会的会长，北京又是中国