浙江巡抚一职，因为巡抚才是可以主管一方的军政财大权的官员，虽然浙江是商毅的势力范围，但实际受他控制的，只有五六个府，对其他地方的控制力量还不够，这也是商毅要驱逐王维如等人的一个重要原因。当然用武力去强行控制这里地方到也不是不可以，但会落得一个专横拨扈的名声，有损于自己的声誊。因此商毅如果能够获得浙江巡抚的职位，就能够名正言顺的控制浙江全省，并推行自己制定的各种制度，减少许多不必要的麻烦。
最后朝廷才下旨加封商毅为督都同知，出任浙江巡抚。同时商家军的诸将也都得到了一次提升，周少桓和成进都晋见为副将、其他团长都晋升参将、团级军官都升为游击将军。
而崇祯的另一份，为商毅和朱媺娖指婚的遗诏，到是没有引起多少争议，一来是皇帝的女儿，爱嫁谁嫁谁，虽然商毅己经娶妻纳妾，但关自己什么事；二来各方势力都顾着在新朝中争权夺利，谁还在乎这个。因此这门婚事也得到一致的通过。只不过崇祯架崩，按制度朱媺娖是要守孝三年，实际为二十七个月，等孝期满了以后，才能够和商毅举行婚礼。
不过就在五月十八日，朱媺娖上疏，表示崇祯的遗诏和玉玺都己经送到了南京，新君也己经登基继位，自己的任