文官都封完了，就该封武将了。因为现在北方并不安定，清军己经攻入了北京，而大顺军虽然被清军所败，但仍然还有数十万人马，这两股势力对南明都存在着相当大的危胁，因此这不仅仅是给众武将加官进爵, 同时也要布置南京的守卫防线。
经过史可法等内阁大臣商议决定，在长江以北的淮、扬、徐、泗、凤、寿、滁、和等地设立四镇，由刘泽清辖淮州、海州，驻守淮北，并经理山东一带。高杰辖徐州、泗州，驻守泅水，经理开封、归德一带。刘良佐辖凤阳、寿州，驻守临淮，经理陈州、杞州一带。黄得功辖滁州、和州，驻守庐州，庐、巢、经理光州、固州一带。同时封黄得功镇南候，高杰兴平候、刘泽清东平候、刘良佐广昌候。每镇额兵为三万人，本色米二十万，折色银四十万，并悉听各镇自行征取。而且如有收复中原之地，则该地受其管辖。
同时史可法又上疏自请，督师江北。也被朱由崧当殿批准。
在后世的一些说法，都认为这是史可法的又一个大失误，轻易的就赋予了四镇兵权以及行政权力，终于酿成了武将拥兵自重，不尊朝廷的局面，而自己又轻率的离开南京的政治中心，将朝廷的大权拱手让给了马士英。
但从当时的情况来