何况商毅做事情虽然亳无顾忌朝廷，但在大面上对南京朝廷还是十分恭顺的，只要不是像上一次王维如那样来和他争夺浙江的权利，商毅对待南京来的诏书、圣旨什么的，还是完全按照礼仪来办，比起左良玉或是江北四镇那样飞扬拔扈，己经算是好了许多，因此也让王夫之为自己的决定找到了一些理由。而商家军在山东取得的胜利，也坚定了王夫之的想法。让商毅当一个割据的藩镇，也总要比彻底亡国好吧。
另外在王夫之的潜意识里，只要不是让满清占领天下，就算是明朝的灭亡，也并不是什么不能接受的事情，只不过和历史上任何一次改朝换代的鼎革一样罢了。说白了就明朝灭了只是亡国，而让满清在中原坐稳了江山，那就是灭汉人的天下了。
黄宗羲不是不明白王夫之的意思，他现也确实无法来用私造军器的罪名来指责商毅，相反商家军也确实是整个南方唯一一支有能力和清军作战的军队，而且从一定程度上来说，商家军其实和东林还是同一条战线。但不知怎么，黄宗羲总觉得心里沉甸甸的，怎么也放不下来。
第二天黄宗羲就向商毅告辞，回到了南京。虽然在朝堂上，黄宗羲并未说什么，只到在晚上和吴甡、钱谦益私下交谈时，才全盘托出。