疏南京朝廷，表示对左良玉军应示以招抚之意，那怕是给左良玉一个王爷封爵，自己可以只身前往左良玉的军中劝谕，邀其一起释解前嫌，一同赴前线抗清。而当前还是应以防备清军的进攻为主，并且请求朱由崧下令各部镇军，分屯泗、临、淮、凤阳、寿州等地，控淮河为防线，堵遏清兵渡淮。
不过商毅估计，南京朝廷根本就不会采纳史可法的建议，多半让他带兵入援南京的可能性。而且就是史可法留在扬州，也好不到那里去，因为史可法的军事能力基本可以直接无视。不过商家军的兵力有限，不可能守住整个淮河防线，只能够以扬州为核心展开布置。
好在是豪格虽然侥幸逃脱，但他这一路的人马几乎算是全军覆没了，暂时到是不用但心北面，因此商毅决定，在淮安只留下了二个营和水军驻守，只要截断黄河水道，基本可以保证这一线的安全。并留下成进带领第一师的其余士兵，驻守扬州，分守各处要路。随后又命罗远斌带着运送物资的半个师驻守泗州、盱眙，保护扬州的西北侧翼，而另外半个师作为后援兵力。
现在史可法也清楚自己的斤两，知道想要守住扬州，只能依靠商家军，因此对商毅的布置也都一一照办，而商毅布置好了这些安排之后，才离开扬州，返回