虽然逃走了一小部份清军，但李定国估计，等其他各路清军得到消息，赶回来复夺滁州，至少也要等三四天以后了，因此自己的人马可以在滁州暂时修整几天，当然也不忘派出侦察兵，严密侦察清军的动向。同时也派人潜回到扬州，向商毅报告外线部仄的进展情况。
滁州之战中，商家军一共歼敌三千余人，俘虏两千五百余人。其中满八旗兵约有六百余人，缴获了米三万二千余石，草料一万余石，驴马一千五百余匹。白银十六万余两，黄金五千多两，这里面既有清军运需的，也有在滁州抢掠搜刮而来的，致于刀枪盔甲等物，商家军跟本就懒得算了。另外还解救了被清军抓的百姓壮丁三千余人，妇女四百余人。
胜利固然值得高兴，但善后却是一大堆麻烦，因为商家军不可能据守滁州，也不能带着战利品和俘虏上路，俘虏也好处理，全杀了就完了，商毅也准许他们这么做。而所得的粮草，财物、马匹怎么办，扔了可就太可惜了。
最后李定国和段鹏决定，考虑到滁州城中的百姓饱受清军的伤害，公开将清兵处死，而那六百余名满八旗兵，则公开示众三天，每名百姓都可以来捅他们几刀出气，直到断气为止，而粮草、财物和车辆都分散给滁州城里的百姓，只是把驴马