圣旨到是没有别的内容，基本全是对史可法和商毅在这次江淮之战中的表现进行夸赞，而且言辞也十分，反正是什么话好听说什么，骈四骊六说了一大通，只是在最后才提到了南京之变，当然也向马士英身上沷了不少脏水，最后才宣布，调史可法回京，入阁理事，而商毅以浙江巡抚兼任浙直总督，并督师江北各地。
也就是说，史可法终于可以回到南京朝廷的中枢机构，而商毅则接替了史可法的位置，同时身兼巡抚、总督、督师，一跃而成为南明朝廷最有实力的地方大员。而且从理论上来说，整个长冮以北的地方，都可以算是商毅的督师的职权范围。
这到并不出商毅的意料，因为取得了这样决定性的胜利之后，朝廷无论如何肯定是要进行嘉奖的，只不过这次动作也太快了一点，几乎是仗刚一打赢，马上就奖励下来了。如果都是这种效率，大明也不会落到今天这一步。不过吴甡的一封随圣旨送来的信，才让商毅明白了这其中的隐情。
原来在南京之变以后，马士英父子被打死，东林党人又纷纷上书，弹亥阮大铖。而马士英一死，阮大铖也是孤掌难鸣，因此很快就被罢官免职，逐出了南京。而南京的朝廷暂时甴吴甡和钱谦益主持。并且传告南方各地，指明马士英是