鲁南战役结束以后，商毅下令，留下**的笫三师分别驻守淮安府和扬州，罗远斌的第四师驻守泗州,其他人马返回浙江驻扎，并将这一胜利的消息发向南京。
这时南京的动乱也终于被平定了下来，南明的南京朝廷总算是慢慢的开始恢复了正常状态，并且能够得以继续运行下去。
原来在史可法带着商毅上疏回到了南京的时候，南京还是一遍混乱，城中暴徒到处滋事，打架抢劫从来就没有停止过，百姓伤亡己达数千人，南京的守备勋臣赵之龙手下虽然有好几干士兵，但每天都躲在府里，只派士兵把守备府保护得水泄通。
要不史可法回京时还带着心腹大将史德威和商毅送给他的一个营的卫队，差一点都进不了南京城。而进城之后，只家家户户，关门闭户，买卖商铺也都停止营业，街头巷尾几乎空无一人，不时还可以看到地上躺着百姓的尸体，若大的南京城显得死气沉沉。
而在朝中，跟本就无人理事，另外南京城外的黄得功和刘良佐都己连上三份疏本，向朝廷质问马士英的死因，而且言词也越来越激烈，官员们只顾着互相争吵指责，推御自己的责任，整个朝廷几乎成了一个乱摊子，吴甡虽然想维持大局，但也是有心无力。
幸好