长史、吉时逢、翁镇为议政大夫，这些人自然都是亲明派的大臣，另外最早投降的两名琉球军韩建中和刘克军也被委以重任，成为琉球军的最高统领。然后由这些人来完成对亲曰派的大清洗。
对于这些任命，身为琉球王的尚贤当然不敢有任何反对的意见，因此很快就在琉球建立了一个基本亲眀的政权机构。虽然说还不能完全把亲日势力完全清除干净，但只要商家军在琉球群岛保持着军事上领先优势，也就不用但心他们会反水。
把这些事情都处理完了，亚莉桑德拉留下西班牙舰队驻守琉球群岛，任命莫亚驻守琉球岛，阿尔维斯驻守奄美岛，并接受台湾的直接管辖，然后才率领着舰队，返回杭州。而尚贤也派遣蔡锦、吉时逢两人为使者，随船一行来到中国，向南京朝廷朝贺。
征萨舰队是在九月下旬到达杭州，当然也受到商毅的热烈欢迎，因为这可是商毅首次主动对外作战，而且作战的对手还是日本，排除在另一时空里的中日仇恨，即使是在这个时代，中日之间也有不少纠葛，日本也是唯一一个中国周边并未向中国臣服，并且经常与中国为敌的国家。
在明朝开国之初时，朱元璋曾派遣使臣下国书到日本，要求日本来朝拜中囯，并责令他们解决扰明倭寇。