打退了，但马士英也彻底跨台了。
幸好玄皇教早有后手准备，先把夕颜送入皇宫，成为朱由崧的宠妃，并且也安插了一批中下层官员，而史可法当政，又没有对马士英的余党进行追究，因此玄皇教总算是没有受到太多的牵连，依然在朝中保持着自己的势力。而且史可法的施政也是以稳定为主，因此玄皇教这才得到了一个比较好的环境，开始招筹人马，训练士兵。
但却是好情不长，安稳了没几天，又闹起什么顺逆之争，东林党内部发生了大分裂，结果逼得李自成撤离武昌，史可法、吴甡也下了课，而清军的第二次南侵也开始，而且这一次南侵比上一次可要凶得多少，南京也处在极大的危险之中。
而玄皇教也跟在里面疲于应付，花了一年多的时间，却只招募到六千多士兵，而且训练也是一蹋糊涂，面对清军的大军一天天的逼近, 还是一筹莫展。因此玄皇教主也不由得羡慕商毅，现在看起来，他到真的是聪明，当初明明有好几次机会，但都死活不进南京来，甘心守在浙江，却可以全心全意按自己的计划来发展，没有那么多乱七八糟的事情打扰。现在己经成为南方最强的势力。
开始的时候，玄皇教主还自以为得意，认为商毅太傻，放弃了进入南京政局的