清军南侵开始之后，夏完淳才意识到，倒顺派从一开始就是错误的，由其是这个时候，吴甡被罢官之后来到了杭州，因为暂时无事，也被商毅拉到几所学校里去帮忙教学，当然也让他现身说法，把这次顺逆之争的来龙去脉交待清楚。他是当事人之一，也是东林党的老成员，自然也有相当大的说服力，这才使夏完淳彻底倒向了挺顺一派，同时也对钱谦益、黄宗羲、四公孑等人不顾大局的行为十分不满。
不过这个时候李自成的败亡己经成为了定局，而且清军的兵锋也直逼南方，再争论谁对谁错已经没有多大意义了，因此商毅也在军校中进行了全面的动员，要求学生停止争论，少些虚谈阔论，多做实干事情，把全部精力投入到抵抗清军的准备工作中来，虽然他们还不能亲自上战场杀敌，但如果尽力保卫杭州的治安，加强抗州的宣传，也是为抵御清军做出贡献。因此陈永华和夏完淳也都决定响应商毅的号招，尽自己的力量，为抵抗淸军的入侵，做出自己的贡献。
军校第三期的学生基本都能识字，但像他们两个这样饱读诗书，下笔成文的人毕竟不算多，而且学问高的人一般也都受人尊重一些，教官也有意让他们付责一些教导其他同学基础知识的工作，有时写个什么通知、宣传也都叫他们代笔，