顽强的抵抗，但这时清廷潜入南京细作的另一部份人员，也城里开始行动，首先在朝阳门內发动袭击。
虽然皇城里的细作在和商家军的战斗中，处处受制，但在其他明军的战斗时，却打得心应手，充份发挥他们个人武力出众，近战能力强的优势，很快就朝阳门打开了缺口，清军趁机也在城外发动猛攻，首先攻破了朝阳门，然后分兵两路，一路由东安门攻入皇城，一路沿城墙来支援正阳门的人马。
因此守卫正阳门的人马同样也抵挡不住，立刻弃守了正阳门，而黄得功也带领着人马，由通济门逃出，沿着秦淮河向东败逃。
攻破了正阳门之后，清军也立刻向北直进，经由洪武门、承天门、午门一路杀进皇宫里。这时的皇城根本就没有任何的抵抗之力，因此两路清军都长驱直入，在紫禁城里的太和殿前会师。而被商家军击败的袭击皇宫的清廷细作这时也又赶来与清军汇合，并指引着清军从西安门杀出，追击商家军。
出了皇城之后，清军在西皇城根大街上横展开，而就在这时，商家军也从西安门外大街向清军发动了进攻。
城市巷战，也是前一段时间商家军的重点训练，进攻是呈立体式展开，从街道和屋顶同时进行，首先从街道上一阵排枪齐