但商家军可不会给清军喘息的机会, 在清军撤军以后, 立刻向清军发动了反攻，虽然西安门外大街被横向封锁，但商家军现在对南京的地形比较熟悉了，从其他各个路口绕道，很轻松的就越过了防守阵地，并且从多个路口向西皇城根大街上的清军发动进攻，同时在房顶上也发动进攻。
尽管皇战失守，对商家军来说是一个意外，而且西安门外大街也不是商家军预计的战场，但自从商家军进入南京之后，就一直在做着打巷战的准备，因此这时也打得比较顺手，相反是淸军，无论是心理，还是在战术上，都对巷战的准备不足。
因此在商家军发动反攻之后，淸军依然处处被动，处处受制。完全没有抵抗之力，尽管清军的人数要比商家军多，但在狭窄的街道上，兵力根本就无法展开，人数上的优势完全发挥不出来，相反因为人员过于密集，反到是有利商家军的火器发挥，步枪射击的命中率几乎高达八成，手榴弹更是一炸一片。
而且商家军的打击还是从地到天的立体式作，便是让清军防不胜防。根本就不会想到，敌人会从那一个方向杀出来，屋顶，窗户，房间，小巷，仿佛觉得倒处都是商家军，倒处都在开枪，倒处都有爆炸。也许就在一回头的功夫，自己身边的同