就在商毅和郑成功达成浙江、福建两省互相协作抗清的协议时，洪承畴一行人也到达了南京。不过在来南京之前，洪承畴首先到达归德府，见到了豫亲王多铎，向他传交了多尔衮的命令，并给多铎加平南大将军衔，给阿济格加扬威大将军衔,并且请多铎随自己一起渡江，到南京主持大局。
因为这一次洪承畴到达南京之后，首先的任务，是要调阿济格北还，那后才能重新整顿清军。但尽管现在洪承畴大权在握，有便宜行事，先斩后奏之权，但这些东西对阿济格来说都没有，只有把多铎带上，才能制得住阿济格，同时也能稳住江南的清军。而且现在清军的重心在江南，阿济格北还之后，多铎肯定是要到江南去坐镇的。
看了多尔衮的诏书之后，多铎也清楚兄长的用意，而且他也对阿济格冒失的对吴、尚二人的处理非常不满，因此也把归徳府的事务料理了一下，命正黄旗固山额真谭泰代替自己驻守归德府，主管江北的军务，命正白旗固山额真阿山驻守徐州，以防鲁南的商家军。贝子尚善驻守凤阳，牵制扬州的商家军。然后带着贝勒尼堪、镶黄旗固山额真尹拜图，伊尔德、阿济格尼堪等人和洪承畴一起渡过长江，来到了南京。
见到了阿济格之后，洪承畴也宣读了多尔