等吴三桂、尚可喜、耿仲明三人带军出发以后，洪承畴也开始着手整顿南京和江淮地区的军务。
虽然多尔衮承诺再拔给洪承畴十万人马，但这十万人马不可能一下子凑齐，因此先期洪承畴只带来了五万人马，同时也带来了一批火器物员，这时也都陆续到达了江北、江南地区。
现在清军集中在江淮和南京地区的兵力约为二十五六万，并且拥有大量火器，计有各种火炮四百五十余门，其中红衣大炮有近百门，霹雳火炮一百二十余门，火铳二万二千余杆，煫发火铳有一千五百余支。霹雳火箭有二千余筒，震天雷有五千余个。虽然淸军的火器数量只相当于商家军的两个师拥有的火器，但在淸廷来说，这己经是把所有的库存火器全部都拿出来了。
俱体的兵力比例为：满旗及三大营的军队，约为四万五千余人，另有跟役包衣约有一万五千人。因为在多尔衮改制以后，一般的满旗兵出战，是不允许再带跟役包衣，只有白甲兵、牛录、甲喇等少数精锐，或将领级的人物才能带一定的跟役包衣出战。主要的将领有固山额真四人：正白旗阿山、镶蓝旗屯齐、正黄旗谭泰、镶黄旗尹拜图，宗室有多罗贝勒勒克德浑、贝子尚善、满达海。而梅勒额真有：珠玛喇、瓦尔喀珠玛喇、卓罗