丹阳发动了进攻。丹阳县也位于运河边上，是从常州进攻镇江的必经之路，淸军在这里驻守了一万兵力，同时也配备了大量的火器。同时也修筑了大量的防御工事，守卫十分严密，再加上第三军也确实不善于打攻坚战，因此商家军一连进攻了二天，但都并没有多少收获。
就在杨武丞进攻丹阳的时候，黄震带领着刚刚成立的长江舰队，也从通州起航，这一次因为是在长江下游作战，而且又是长江舰队第一次出战，因此黄震也把三支分舰队全部都带出来了，大小一共近百艘船只，排成长长的船队，浩浩荡荡逆江而上，向镇江出发。
等船队到达镇江附近的时候，杨武丞仍然带领着部队还没有攻下丹阳，因此黄震也下令船队，就在江中的江州停泊，等待着丹阳的消息。
而就在这时，黄震也收到了商毅的命令，原来统战部己经收到从南京发回来的情报，淸军己经出动援军，这次援军是由多铎和洪承畴亲自带队，也是分为水陆两路，赶来来救援镇江。陆路援军由多铎率领，水路援军是由洪承畴带领。
鉴于现在第三军仍然受阻于丹阳县的局面，商毅命令长江舰队出击，先击败清军的水军，挫动清军的士气，然后逆江而上，直接去进攻南京，迫使多铎从镇江府撤军